會議分兩個階段進行。第一階段是11月21日的集體學習研討，會議認真學習了中央領導同志關于科學發(fā)展和科技創(chuàng)新問題的一系列重要論述，邀請國家能源局副局長趙小平同志、農(nóng)業(yè)部副部長牛盾同志分別作了關于我國能源形勢和我國農(nóng)村發(fā)展形勢的專題報告。全國人大常委會副委員長、中國科學院院長路甬祥以“推動科技創(chuàng)新、支持科學發(fā)展，促進科學前瞻、迎接未來挑戰(zhàn)”為題，做了關于學習實踐科學發(fā)展觀的體會和思考的學習講話。
會議的第二階段于12月20日至12月23日舉行，內(nèi)容是專題工作研討。會議審議了中國科學院副院長江綿恒所作的“中科院在上海地區(qū)的整體發(fā)展戰(zhàn)略”的報告，副院長李家洋、李靜海、詹文龍、陰和俊、丁仲禮同志分別所作的基礎、高技術、可持續(xù)發(fā)展片創(chuàng)新基地重大戰(zhàn)略部署、重大項目和重大行動計劃案例的報告，院黨組副書記方新所作的“關于加強黨的建設和領導班子建設”的報告，會議還審議了2009年院工作會議主報告方案、院“十二五”規(guī)劃制訂工作方案、院科技支撐平臺及支撐隊伍建設方案。這些報告既有前瞻的戰(zhàn)略思考，包括對當前形勢和國家戰(zhàn)略需求的深入分析，對世界科技發(fā)展前沿和態(tài)勢的深入研究與思考，對中科院優(yōu)勢、特色與不足的深入調研和剖析，也有切合實際的實施方案，內(nèi)容豐富，視野開闊，思路清晰，目標明確，體現(xiàn)了解放思想、求真務實、科學發(fā)展、改革創(chuàng)新的精神，貫徹了“推動科技創(chuàng)新、促進科學發(fā)展”的總體要求。
路甬祥在大會總結時指出，通過學習和研討，本次會議在一些重要思想認識問題上達成了高度共識，可以概括為“三個深化”。
一是深化了對科學發(fā)展觀的認識，增強了科學發(fā)展的自覺性、堅定性。中國科學院科技發(fā)展必須以科學發(fā)展觀為指針，堅持發(fā)展這個第一要務，著力加強原始科學創(chuàng)新、關鍵核心技術創(chuàng)新與系統(tǒng)集成、引進消化吸收再創(chuàng)新能力，創(chuàng)新體制、機制、管理和文化，建設符合科技發(fā)展規(guī)律要求、與經(jīng)濟社會的科學發(fā)展的需求相適應的創(chuàng)新體系。
二是深化了對中科院發(fā)展環(huán)境的認識，增強了改革發(fā)展創(chuàng)新的緊迫感、責任感、使命感。作為國家戰(zhàn)略科技力量，中國科學院必須始終站在國家和人民根本利益的高度，把國家現(xiàn)實和長遠需求放在科技創(chuàng)新活動的突出位置，緊緊抓住為國家經(jīng)濟社會發(fā)展服務這一中心任務，在國家和人民需要的關鍵時期發(fā)揮重要作用，不斷為國家經(jīng)濟社會發(fā)展和國家安全提供有力的科技支撐，努力實現(xiàn)胡錦濤總書記在中國科協(xié)成立50周年大會上所要求的“勇敢擔負起提高自主創(chuàng)新能力、建設創(chuàng)新型國家的戰(zhàn)略任務和歷史使命，集中力量在解決制約經(jīng)濟社會發(fā)展的重大科技問題、關系國民經(jīng)濟命脈和國家安全的關鍵領域取得突破，努力掌握關鍵技術和共性技術、解決重大公益性科技問題”。
三是深化了對院情的認識，進一步明確了發(fā)展目標和努力方向。經(jīng)過知識創(chuàng)新工程10年的努力，中國科學院實現(xiàn)了歷史性跨越，站在了新的發(fā)展起點上。當前中科院處在最好的發(fā)展時期，各項事業(yè)蓬勃發(fā)展。中科院要以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，深入貫徹落實科學發(fā)展觀，進一步解放思想，深化改革，創(chuàng)新體制機制和管理，進一步明晰中科院戰(zhàn)略定位和使命責任，堅持科學發(fā)展、著力實現(xiàn)“九個轉變”，認知科學規(guī)律、推動科學原創(chuàng)，支撐科學發(fā)展、迎接新科技革命的挑戰(zhàn)，堅持統(tǒng)籌協(xié)調、處理好關系全局的八個重大關系，加強領導班子和干部隊伍建設，深入推進知識創(chuàng)新工程，努力建設“三個基地”、創(chuàng)建“四個一流”，建設改革創(chuàng)新和諧奮進的中國科學院，為促進我國經(jīng)濟社會的科學發(fā)展、建設創(chuàng)新型國家提供堅強有力的科技支撐。
路甬祥要求，當前和今后一個時期，要重點抓好以下三個方面的工作：
1、扎實推進深入學習實踐科學發(fā)展觀活動
當前，中科院深入學習實踐科學發(fā)展觀活動已經(jīng)進入分析檢查階段。要重在分析問題，重在總結經(jīng)驗，明確努力方向，對過去發(fā)展中存在的問題要歷史地、客觀地、辯證地看待，重在吸取經(jīng)驗教訓。要在分析檢查報告的基礎上制定整改落實方案，把分析檢查報告提出的思路、措施具體化，按解決問題和完善制度的輕重緩急和難易程度，分別提出整改落實的目標、方式和時限要求，把責任落實到分管領導、分管部門。選準突破口和切入點，集中解決突出問題。分清學習實踐活動期間能立即解決的問題、近期內(nèi)通過努力能解決的問題、以及事關全局必須通過長期努力才能夠解決的問題。要集中精力，整合資源，積極探索上下聯(lián)動、左右互動等解決問題的有效方式，多為職工群眾辦看得見、摸得著、促進科學發(fā)展的實事，切實取得